Największą powierzchnię zajmują ekosystemy i zbiorowiska torfowisk niskich oraz innego typu mokradeł fluwiogenicznych, zasilanych przez wody rzeczne, zalewające okresowo dno doliny. Należą do nich trzcinowiska, zajmujące obecnie 3 025 ha, czyli ponad 44% obszaru doliny w granicach Parku Narodowego oraz szuwary mannowe i mozgowe (941 ha, czyli niespełna 14% obszaru). Częściowo są one użytkowane kośnie. Duże powierzchnie zajmują także szuwary typu łąk turzycowych, przede wszystkim z dominacją turzycy zaostrzonej Carex gracilis oraz szuwary zastoisk długotrwale zalewanych, głównie turzycy sztywnej Caricetum elatae. Na tego typu mokradłach występują także olsy i zarośla wierzbowe. Pozostałe zbiorowiska roślinne, zajmujące mniejsze powierzchnie. Spotykamy je w strefie krawędziowej doliny, w zewnętrznych częściach szerokich odcinków basenowych, na wyniesieniach mineralnych (grądzikach), a także w południowej, łęgowiejącej części doliny.
Do zbiorowisk roślinnych zajmujących najmniejszą powierzchnię należą te o najwyższym walorze przyrodniczym. Są to m.in. łąki zmiennowilgotne ze związku Molinion, murawy bliźniczkowe, grądy i dąbrowy świetliste, murawy napiaskowe oraz wrzosowiska. Żadna z wymienionych jednostek nie zajmuje więcej niż 0,5% obszaru Parku.
Roślinność doliny w granicach Narwiańskiego Parku Narodowego ukształtowana została przez człowieka w ciągu wielu stuleci osadnictwa i tradycyjnego użytkowania gruntów. Do lat 70. XX w. dolina była wykaszana na całej szerokości, nawet w trudno dostępnych i długotrwale zalewanych miejscach, odciętych przez anastomozujące koryta. Koszone, wypasane, a nawet zajmowane pod orkę były także grądziki. Ostatnie dekady XX wieku przyniosły daleko idące przeobrażenia. Zmiany sposobu użytkowania gruntów z jednej strony nastąpiły w wyniku zaprzestania użytkowania na dużych obszarach, z drugiej zaś są związane z intensyfikacją rolnictwa. Oba te procesy prowadzą do spadku różnorodności przyrodniczej na wielu poziomach, zmniejszania się powierzchni i zaniku niektórych siedlisk, do spadku liczebności i ustępowania związanych z nimi gatunków roślin i zwierząt. Zarzucanie koszenia łąk, mechowisk i niektórych typów szuwarów turzycowych inicjuje sukcesję wtórną i powoduje kurczenie się ich areału na rzecz ziołorośli i bardzo ekspansywnej trzciny, a także zarośli wierzbowych i zapustów olchy. Ekspansja trzciny ma negatywny wpływ na stosunki wodne mokradeł. Jej duża, znacznie większa niż w przypadku innych roślin bagiennych, zdolność do ewapotranspiracji powoduje obniżanie się poziomu wód gruntowych i postępujące przesychanie siedlisk. W ostatnich kilku latach procesy sukcesji wtórnej zostały na sporych powierzchniach powstrzymane dzięki ochronie czynnej i przywróceniu użytkowania kośnego
Flora parku liczy 704 gatunki, z czego najważniejsze chronione i zagrożone gatunki to: czarcikęsik Kluka Succisella inflexa, gnidosz błotny Pedicularis palustris, goryczka wąskolistna Gentiana pneumonanthe, goździk pyszny Dianthus superbus, kosaciec syberyjski Iris sibirica, kukułka krwista żółtawa Dactylorhiza incarnata ssp. ochroleuca, mieczyk dachówkowaty Gladiolus imbricatus, pięciornik skalny Potentilla rupestris i wielosił błękitny Polemonium coeruleum.
Do zbiorowisk roślinnych zajmujących najmniejszą powierzchnię należą te o najwyższym walorze przyrodniczym. Są to m.in. łąki zmiennowilgotne ze związku Molinion, murawy bliźniczkowe, grądy i dąbrowy świetliste, murawy napiaskowe oraz wrzosowiska. Żadna z wymienionych jednostek nie zajmuje więcej niż 0,5% obszaru Parku.
Roślinność doliny w granicach Narwiańskiego Parku Narodowego ukształtowana została przez człowieka w ciągu wielu stuleci osadnictwa i tradycyjnego użytkowania gruntów. Do lat 70. XX w. dolina była wykaszana na całej szerokości, nawet w trudno dostępnych i długotrwale zalewanych miejscach, odciętych przez anastomozujące koryta. Koszone, wypasane, a nawet zajmowane pod orkę były także grądziki. Ostatnie dekady XX wieku przyniosły daleko idące przeobrażenia. Zmiany sposobu użytkowania gruntów z jednej strony nastąpiły w wyniku zaprzestania użytkowania na dużych obszarach, z drugiej zaś są związane z intensyfikacją rolnictwa. Oba te procesy prowadzą do spadku różnorodności przyrodniczej na wielu poziomach, zmniejszania się powierzchni i zaniku niektórych siedlisk, do spadku liczebności i ustępowania związanych z nimi gatunków roślin i zwierząt. Zarzucanie koszenia łąk, mechowisk i niektórych typów szuwarów turzycowych inicjuje sukcesję wtórną i powoduje kurczenie się ich areału na rzecz ziołorośli i bardzo ekspansywnej trzciny, a także zarośli wierzbowych i zapustów olchy. Ekspansja trzciny ma negatywny wpływ na stosunki wodne mokradeł. Jej duża, znacznie większa niż w przypadku innych roślin bagiennych, zdolność do ewapotranspiracji powoduje obniżanie się poziomu wód gruntowych i postępujące przesychanie siedlisk. W ostatnich kilku latach procesy sukcesji wtórnej zostały na sporych powierzchniach powstrzymane dzięki ochronie czynnej i przywróceniu użytkowania kośnego
Flora parku liczy 704 gatunki, z czego najważniejsze chronione i zagrożone gatunki to: czarcikęsik Kluka Succisella inflexa, gnidosz błotny Pedicularis palustris, goryczka wąskolistna Gentiana pneumonanthe, goździk pyszny Dianthus superbus, kosaciec syberyjski Iris sibirica, kukułka krwista żółtawa Dactylorhiza incarnata ssp. ochroleuca, mieczyk dachówkowaty Gladiolus imbricatus, pięciornik skalny Potentilla rupestris i wielosił błękitny Polemonium coeruleum.